Das Augustiner Chorherrenstift Neustift wurde 1142 vom seligen Bischof Hartmann von Brixen unweit seiner Bischofsstadt gegründet, die Besiedelung erfolgte durch einige Chorherren aus Klosterneuburg. Im 15. und 16.

Bischof Reginbert von Brixen regulierte 1138 ein bestehendes Kollegiatstift. Er übertrug den Prämonstratensern die Pfarre Wilten zur seelsorglichen Betreuung. Im 13. Jahrhundert kamen die Pfarren Ampass und Patsch hinzu. Aus diesen drei Pfarren entwickelten sich die 22 Pfarreien, die das Stift heute betreut, wobei im 20. Jahrhundert einige Pfarren im  Stadtgebiet von Innsbruck an die Diözese abgegeben wurden..
Die Stiftsgebäude samt Kirche wurden in der Barockzeit in die heutige Form umgestaltet. Im Jahr 1665 konnte die heutige Stiftskirche eingeweiht werden.

Markgraf Leopold II. wandelte 1089 ein in Melk bereits bestehendes älteres Kanonikatstift in ein Benediktinerkloster um. Im Anschluss an das Konzil von Konstanz und auf Betreiben Herzog Albrechts V. wurde Melk im 15. Jahrhundert zum Zentrum der Reform und Erneuerung der benediktinischen Klöster Österreichs („Melker Reform“). Das Benediktinerstift wurde unter Abt Berthold Dietmayr (1700–1739) als Klosterpalast in imposanter Lage neu erbaut. Federführender Baumeister war Jakob Prandtauer.

Das Kloster St. Peter in der Stadt Salzburg ist das älteste durchgängig bestehende Kloster im deutschsprachigen Raum und eine Gründung des hl. Rupert aus dem Jahr 696. Unter Virgil (745–784) wurde das Verbrüderungsbuch St. Peters angelegt. Es ist das älteste Buch Österreichs. Unter Abt Arn (785-821, Erzbischof 798) entstanden die ältesten Salzburger Güterverzeichnisse. Im Jahr 987 wurde die Personalunion des Abtes von St. Peter und des Erzbischofs von Salzburg gelöst.

715 gründete Bischof Rupert von Worms im Auftrag des Bayernherzogs Theodor das Benediktinerinnenstift Nonnberg, das älteste ununterbrochen bestehende Frauenkloster nördlich der Alpen. Grundungsäbtissin war die hl. Erentrudis, vermutlich eine Verwandte des hl. Rupert. 1242 erhielt die Äbtissin Gertraud von Stein die Pontifikalien für sich und ihre Nachfolgerinnen durch Fürsterzbischof Eberhard II.

Stift Rein wurde 1129 gegründet und ist heute das weltweit älteste Zisterzienserkloster. Noch zu Lebzeiten des heiligen Bernhard erfolgte seine Stiftung durch Markgraf Leopold I. von Steier. Die ersten Mönche kamen aus Ebrach in Franken. Reiner Mönche gründeten 4 Tochterklöster: 1138 Sittich (Stična) in Slowenien, 1146 Wilhering bei Linz, 1444 das Neukloster bei Wiener Neustadt und 1620 Schlierbach in Oberösterreich. Im Zweiten Weltkrieg wurde Stift Rein enteignet und die Mönche konnten erst 1945 wieder zurückkehren.

Das Zisterzienserkloster Stams wurde 1273 von Graf Meinhard II. von Görz-Tirol zum Gedächtnis an den letzten Staufer Konradin als Grablege der Tiroler Landesfürsten gegründet. Die Barock- und Rokokoausstattung des Klosters stammt aus der Zeit zwischen 1650 und 1750. Eine Klosterschule ist seit dem 17. Jahrhunderts nachweisbar. 1807 wurde das Kloster aufgehoben und 1816 unter Kaiser Franz I. wieder errichtet. 1938 wurde das Stift von den nationalsozialistischen Machthabern erneut aufgehoben. 1945 gab es einen Neubeginn.

Als die Adelsfamilie Wilhering um 1145 ihren Wohnsitz auf die von ihr neu erbaute Burg Waxenberg verlegte, stellte sie die aufgelassene Burg Wilhering und das zugehörige Land im Donautal dem steirischen Zisterzienserkloster Rein für eine Tochtergründung zur Verfügung.

Das Zisterzienserkloster Zwettl wurde 1138 von Hadmar I. von Kuenring als erste Tochtergründung des Stiftes Heiligenkreuz gestiftet. Die Klosterkirche wurde 1159 eingeweiht. 1427 wurde das Kloster durch die Hussiten zerstört. Die barocke Erneuerung erfolgte unter Einbeziehung der romanischen Bauteile unter Abt Melchior Zaunagg von 1720 bis 1740 durch Josef Munggenast und Matthias Steinl.

Zisterzienser des Stiftes Rein besiedelten 1620 das leerstehende Klostergebäude in Schlierbach, in dem von 1355 bis 1556 ein Zisterzienserinnenkonvent bestanden hatte, der in der Reformationszeit erloschen war. Die Äbte des 17. und 18. Jahrhunderts ließen das Kloster von der oberitalienischen Künstlerfamilie Carlone im barocken Stil ausbauen. 1938 übernahmen Schlierbacher Mönche im Nordosten Brasiliens die Pfarre Jacobina mit einer Fläche von über 5000 km².